عصر امامت امام محمدباقر (ع) یکی از دوران پرتلاطم فکری در جهان اسلام است. گروه و جریاناتی نظیر مرجئه، خوارج، کیسانیه، غالیان و... فهم و برداشت خود را از اسلام ارائه می‌دادند و عملا مبانی و معارف دین در خطر قرار گرفته بود. در چنین شرایطی امام باقر با توجه بیشتر به علوم و معارف دینی و تربیت شاگردان و حضور در مناظرات مختلف به ترویج علوم نقلی و عقلی در جهان اسلام پرداخت.

در طول مدت حضور امام حسین (ع) در مکه، نامه‌های بی شماری از بزرگان و شیعیان عراق رسید که حضرت را رسما به عراق دعوت کرده بودند. از سوی دیگر، عمال و دست‌نشانده‌های اموی مترصد فرصت بودند که در زمان مناسب بخصوص در ایام حج حضرت را ترور کنند. در چنین شرایطی امام (ع) به خواست مردم عراق پاسخ مثبت داده و راهی سرزمین عراق گردید.

 امامت و رهبری امام جواد (ع) در حالی آغاز گردید که خلفای عباسی شرایط بسیار سختی را بر شیعیان تحمیل کرده بودند و نیز جامعه اسلامی از یک سو با جریان‌های انحرافی و التقاطی مواجه شده و از سوی دیگر، کم‌سن بودن امام، عاملی برای لغزش بسیاری از شیعیان در پذیرش امامت ایشان شده بود.

در چنین روزی هند جگرخوار همسر ابوسفیان و مادر معاویه به درکات جحیم شتافت. از این زن و شوهر و فرزندش معاویه و نوه‌اش یزید، اذیت‌ها و جسارت‌ها به پیامبر (ص) و اهل‌بیت ایشان رسید. از جنایات او همین بس که به دستور او غلامش وحشی جناب حمزه (ع) را کشت و سینه مبارک حضرت حمزه (ع) را شکافت و جگر آن بزرگوار را خارج کرد و مانند سگ به دندان گرفت، ولى جگر مانند سنگی نقره‌ای رنگ شد و دندانش کارگر نشد و آن را روى زمین انداخت و از آن روز ملقب به «آکله الاکباد» شد.

در چنین روزی واقعه حره در چهارشنبه سال 63 ه‍ به وقوع پیوست. در این روز بود که به امر یزید ملعون قتل و غارت اهل مدینه صورت گرفت. این واقعه مشهور به واقعه حره است و دو ماه و نیم قبل از مرگ یزید ملعون اتفاق افتاده است.

در چنین روزی آخرین خلیفه بنی امیه به درک واصل شد و دولت هزار ماهه بنى امیه منقرض شد. بعد از قیام بنى عباس مروان به بوصیر که نواحى فیوم در مصر بود گریخته بود، در طول مسیر هر کس از بنى امیه را که می‌دیدند می‌کشتند. در بوصیر مروان را در کلیسایى سر بریدند و زبان او را قطع کردند و زبانش را گربه‌ای خورد.

در چنین روزی امام حسین (ع) از مکه به سمت عراق حرکت کرد. امام حسین (ع) به دلیل درخواست مکرر مردم کوفه و دفع توطئه ترور مزدوران یزید رهسپار عراق شد. علاوه بر آن ترک مکه در هنگام حج باعث توجه همگان به مخالفت امام حسین (ع) با حکومت بنی امیه شد.

جناب مسلم بن عقیل (ع) در چنین روزی دعوت خود را در کوفه آشکار کرد. مردم کوفه جملگی با ایشان بیعت کردند اما چندی بعد با تهدیدهای ابن زیاد نفاق خود را آشکار کردند. بعد از متفرق شدن مردم جناب مسلم در کوفه بی‌یار و یاور شد و تنها زنی به نامه طوعه به ایشان پناه داد.

در روز هشتم ذی الحجه سال 60 به دستور یزید گروهی برای دستگیر و کشتن امام حسین (ع) وارد مکه شدند. امام حسین (ع) چهار ماه قبل از این اتفاق برای خودداری از بیعت با یزید در جوار خانه امن الهی اقامت گزیده بود. یزید بن معاویه تعدادی از مزدوران خود را به بهانه حضور در مراسم حج برای دستگیری و کشتن امام حسین (ع) به مکه فرستاد.

در هفتم ذی الحجه سال 114 هجری امام باقر (ع) توسط هشام بن عبدالملک شهید شد. آن حضرت چندین روز و به قولى سه روز در حالت درد از اثر سم به سر می‌بردند تا به شهادت رسیدند. امام باقر (ع) در واقعه کربلا حضور داشت و هر زمان که متذکر شهادت حسین بن على (ع) و اسارت عمه‌هایش می‌شد، اشک از چشم مبارکش مانند درّ جارى می‌گشت.