درباره مرام مذهبیِ وى به‌سادگی نمی‌توان اظهارنظر کرد. نام او حسین است و از شهر سبزوار. این‌ها حکایت از تولد او در خاندانى شیعى دارد، چراکه شهر سبزوار از زمان‌های دور به تشیع شهرت داشت و همان زمان نیز قصه‌هایی براى تشیع آن زبانزد خاص و عام بود¹. او از سبزوار به هرات رفت و دوستانى براى خود برگزید که همه، گرچه به اهل‌بیت علاقه وافرى داشتند، از رفض بیزار بودند. دو نمونه مهم و مؤثر در وى امیر علیشیر و عبدالرحمان جامى هستند که از صوفیان نقشبندى بودند و به‌تبع خواجه محمدپارسا از رفض برى و بیزار. فرقه نقشبندى از فرقه‌های صوفى است که در تسنن اصرار دارد و کوشیده تا از بدعت‌های صوفیان دور باشد. این فرقه، در میان فرق صوفیه، تنها فرقه‌ای است که ابوبکر را سرسلسله خویش دانسته است. بدنامى جامى براى شیعیان ازآنجا آشکار می‌شود که بدانیم، زمانى که شاه اسماعیل به هرات رفت، دستور داد تا هرکجا نام جامى ثبت‌شده، نقطه جیم را پاک‌کرده در بالاى آن بنویسند، یعنى (جامى) را (خامى) کنند. به دنبال همین کار بود که به نقل حکمت² هاتفى شاعر، خواهرزاده جامى در شعرى گفت:
بس عجب دارم ز انصاف شه کشورگشاى
آن‌که عمرى بر درش گردون غلامى کرده است
کز براى خاطرجمعی لوند ناتراش
نقطه (جامى) تراشیده است و (خامى) کرده است
ملاحسین با جامى هم‌نشین و همان‌گونه که گذشت با وى خویشاوند شد. فخرالدین على فرزند کاشفى در جاى دیگرى نیز حکایت ملازمت پدر را به جامى بر اساس خوابى که پدرش دیده و به همان دلیل به هرات رفته، آورده است. پیش‌ازاین به‌اجمال به آن اشاره شد³. شاید سخن خود امیر علیشیر در مقدمه این بحث جالب باشد که درباره کاشفى نوشته است: و مولانا، سبزوارى است ولیکن از رفض ایشان عارى است و از مذهب باطل ایشان برى، لیکن از تهمت برى نیست!⁴. سخن اخیر او اشاره به آن دارد که کاشفى به‌رغم این هم‌نشینی‌ها، تا به آخر، در هرات متهم به رفض بوده است، همان‌طور که در سبزوار متهم به تسنن، حنفى گرى یا شافعى گرى بوده است. افندى با ذکر این اتهام می‌افزاید: اکثر تصانیفه سیما تفسیراه، مؤلفه على طریقه اهل السنه و أدرج فیها طرائق الاخابث الصوفیه⁵. جالب این‌که با این تصریحات، افندى می‌گوید که تشیع او نزد من واضح است.⁶. کاشفى در هرات با دستگاه دولتى کنار آمده و در آنجا نفوذ چشمگیر یافته و در میان مردم به کار وعظ می‌پرداخته است. در چنین شرایطى، جز آن‌که اظهار تسنن کند، کارى نمی‌توانسته انجام دهد. اما آیا چنین اقدامى از روى تقیه بوده است؟

زین الدین محمود واصفى زمانى نیز که در جریان فرار از دست قزلباشان به نیشابور آمد، وقتى خود را به‌عنوان واصفى معرفى کرد، زین‌العابدین نیشابورى به وى گفت: آن واصفى که شاگرد مولانا حسین واعظ است؟ پیر افزود: اشتیاق مردم نیشاپور به ملازمان شما، مرتبه‌ای است که معلوم نیست که به مهدى آن مقدار بوده باشد

در نزد عالمى چونان قاضى نورالله که به‌عنوان شیخ شیعه شناس شهرت یافته، این قبیل عالمان باوجود هرگونه شاهد ضمنى بر تسنّنشان، باید شیعه تلقى شوند. شاید این اقدام بیش از هرچیز بر مبناى تفسیرى ویژه از تشیع استوار باشد; تفسیرى که تشیع را تنها، نه در حد تعاریف رسمى بلکه حتى شامل علایق ویژه به اهل‌بیت می‌داند. بااین‌حال قاضى اصرار دارد تا برمبناى تقیه، به دفع اشکالات موجود در ارتباط با تسنن این افراد بپردازد و یکی از آن‌ها نیز ملاحسین کاشفى است. شاهدى که قاضى براى تشیع وى آورده، شعرى است از کاشفى در منقبت امام على (ع) که ازجمله شامل نکته‌ای است که شیعه در اثبات امامت امامان به آن استناد می‌کنند:⁷.
ذریتى سؤال خلیل خدا بخوان
وز لاینال عهد جوابش بکن ادا
گردد تو را عیان که امامت نه لایق است
آن را که بوده بیشترِ عمر در خطا
در برابر این شواهد، شواهدى نقل‌شده که وجود تسنن را در او نشان می‌دهد. ازجمله آن‌که پسر او در رشحات عین الحیات تصریح کرده است که پدرش در طریقه نقشبندى درآمده است⁸. تسنن برخى از شاگردان وى همراه با موضع ضدشیعی آن‌ها، شاهد دیگرى بر گرایشات سنى وى است. زین الدین محمود واصفى ازجمله شاگردان اوست که در قضایاى ورود قزلباشان به هرات و نواحى خراسان، مجبور به گریز شد، زیرا باوجود سوابق او و دوستانش در برخورد با شیعیان هرات، به‌طور یقین به دست قزلباشان کشته می‌شد. وى خود شرحى از گریز خود را قصه وار نقل کرده است⁹. او خود را از شاگردان ملاحسین واعظ می‌داند و از وى ستایشى درباره خود نقل می‌کند¹⁰. زمانى نیز که در جریان فرار از دست قزلباشان به نیشابور آمد، وقتى خود را به‌عنوان واصفى معرفى کرد، زین‌العابدین نیشابورى به وى گفت: آن واصفى که شاگرد مولانا حسین واعظ است؟ پیر افزود: اشتیاق مردم نیشاپور به ملازمان شما، مرتبه‌ای است که معلوم نیست که به مهدى آن مقدار بوده باشد¹¹. باخرزى نیز که از علاقه‌مندان جامى بوده و در مقامات جامى گرایش ضد شیعی از خود نشان می‌دهد¹² از ملاحسین واعظى ستایش دارد و هیچ‌گونه قدحى درباره وى نکرده است.
به‌هرروی آنچه مسلم است این‌که او در هرات بر مذهب تسنن بوده و از مذاهب فقهى بر مذهب حنفى بوده است. افندى در ریاض از برخى فواید میرداماد نقل کرده است که ملاحسین صاحب روضه الشهداء را حنفى المذهب دانسته بوده است¹³ . کامل شیبى با استناد به هدیه العارفین (316/5) گفته است که کاشفى رساله‌ای در فقه حنفى دارد، اما با مراجعه معلوم نشد که کدام‌یک از کتاب‌هایی که در آنجا یادشده، در فقه حنفى است. به‌طورکلی باید توجه داشت که سنیان شرق بر مذهب حنفى بوده‌اند.
اگر پذیرفته شود که او بر مذهب تسنن بوده، باید علایق شیعى که در برخى از آثار وى به‌ویژه روضه الشهداء وجود دارد، توجیه شود. توجیه طبیعى آن این است که گرایش (تسنن دوازده‌امامی) که این زمان در بسیارى از نقاط ایران و ماوراءالنهر وجود داشته، اقتضاى چنین گرایشى را در آثار کاشفى ایجاد کرده است. این پاسخ تااندازه‌ای درست است، زیرا همان‌طور که در جاى دیگر اشاره کرده‌ایم، کتاب فصل الخطاب خواجه پارسا، شواهد النبوه جامى و وسیله الخادم الى المخدوم در شرح صلوات چهارده معصوم از فضل‌الله بن روزبهان خُنجى، همین گرایش را با شدت و ضعف در خود دارد. نمونه دیگر از این آثار، کتاب باارزش (روضات الجنان و جنات الجنان) از حافظ حسین کربلایى تبریزى است. این اثر که در اواخر قرن دهم هجرى نگاشته شده و شدیداً در بخش‌هایی از آن متأثر از فصل الخطاب است، در چهارچوب گرایش (تسنن دوازده‌امامی) مباحث خویش را مطرح کرده است. ازجمله در روضه هشتم کتاب، شرح‌حال ائمه اثناعشر را به‌تفصیل (صص 448 ـ 372) آورده است. این گرایشى است که خود جامى ـ که گفته‌اند کاشفى را به طریق نقشبندى داخل کرده ـ داشته است. شواهد النبوه او مشتمل بر شرح‌حال ائمه اطهار (ع) نیز هست.

یکى از آثار واعظ کاشفى که رنگ تشیع دارد، فتوت‌نامه سلطانى است. کاشفى در این کتاب، آداب فتوت و شرایط آن را بیان کرده است. در آنجا آمده است که براى ورود افراد به دایره فتوت، اسامى دوازده امام خوانده می‌شود.

روشى که به‌طورمعمول از قرن هفتم و هشتم به بعد، در میان این قبیل سنیان شیعى مرسوم بوده، آن است که ابتداى سخن را با ذکر ستایش خدا، صلوات بر رسول خدا آغاز کرده، سپس از خلفاى چهارگانه یادکرده و آنگاه از امامان یاد می‌کنند. این شیوه‌ای است که ملاحسین کاشفى در کتاب (فتوت‌نامه سلطانى) خود، از آن پیروى کرده است¹⁴. توجه به این نکته جالب است بدانیم که عبدالواسع باخرزى نیز که به گرایش ضدشیعی او به‌تبع جامى اشاره کردیم، وقتى سخن از شیخ قاینى می‌گوید که به دلیل اظهار رفض مورد طرد قرار گرفت، درباره عقیده رفض می‌گوید که (هرگز اهل‌بیت رسول که عبارت از ائمه اثناعشرند (ع) بر این اعتقاد ناپاک نبوده‌اند!)¹⁵. به‌این‌ترتیب، از دید این مخالف شیعه نیز، اهل‌بیت رسول خدا (ص) عبارت از امامان دوازده‌گانه‌اند.
یکى از آثار واعظ کاشفى که رنگ تشیع دارد، فتوت‌نامه سلطانى است. کاشفى در این کتاب، آداب فتوت و شرایط آن را بیان کرده است. در آنجا آمده است که براى ورود افراد به دایره فتوت، اسامى دوازده امام خوانده می‌شود. تنها در دیباچه این کتاب، نام خلفاى چهارگانه آمده است [در نسخه این کتاب در کتابخانه آیه الله مرعشى، نام خلفا هم نیامده است.], اما تا به آخر، حتى یک‌بار اسامى خلفاى سه‌گانه نیامده، این در حالى است که اسامى دوازده امام مکرر آمده است. فصل نهم این کتاب، به (کیفیت میان بستن) اختصاص دارد. این رسمى خاص میان فتوتیان است که ملاحسین آداب آن را بازگو کرده است. براى شناخت مذهب وى مناسب است قسمتى از عبارت او نقل شود: (بدان که در فصول قبل مجمل میان بستن مذکور بود. در این فصل مفصل آن مسطور خواهد شد، بر وجهى که از استادان مشاهده کرده. چون استاد خواهد که میان کسى ببندد، اول باید که مجلس سازد در مکان وسیع پاکیزه، پس فرزند طریقت در مجلس پیر و پدر عهداللّه و استاد شدّ تعیین کند و نقیب فرماید که این عزیزان فلان روز در آن محفل شیخ و نقیب و برادران طریق حاضر گردند. آن گه، سجاده شیخ را روى به قبله باندازند، پس سجاده شدّ را بیندازند و هر دو سجاده را گوشه به گوشه پیوسته باید و سجاده (شیخ باید که بر دست راست) باشد و شیخ بر سجاده بنشیند و استاد طریقت که پدر عهداللّه گویند، رو به روى شیخ بنشیند و دو برادر طریقت بر دست چپ پدر عهداللّه بنشیند، به پهلوى یکدیگر و اگر شیخ حاضر نباشد، مصحف تمام بر روى سجاده شیخ نهند و کاسه آب صافى در مجلس حاضر گردانند و قدرى نمک سفید پاک که هیچ‌چیز با وى آمیخته نباشد و نقیب برخیزد و آن نمک را در آب اندازند…(این رسوم ادامه دارد تا آن‌که موقع خطبه خواندن می‌رسد.) …پس سلام باز دهد و شیخ آنجا خطبه طریقت بخواند و اگر نقیب هم بخواند، جایز باشد. اما اگر نقیب میان کسى بربندد، اولى آن است که دیگر بخواند و خطبه طریقت به انواع است. ما از کتاب صاحب تأویلات خطبه‌ای آوردیم و آن این است:

در میان آثار ملاحسین کاشفى، روضه الشهداء بیش از همه رنگ تشیع دارد. این کتاب اجمالى از تاریخ انبیا را در آغاز آورده، سپس شرح از زندگى پیامبر و به دنبال آن، به بیان زندگى سایر امامان پرداخته است که البته بخش مربوط به کربلا که هدف اصلى مؤلف در نگارش کتاب بوده، مفصل‌تر از دیگر بخش‌هاست.

الحمدلله الذى فضل الانسان على سایر الاکوان و شرّف من بینهم بشرف المکارم عصبه الفتیان، فزیّن نفسهم بزینه العدل والاحسان… واشهد أن لااله الا الله وحده لاشریک له… وأشهد أن محمداً عبده ورسوله المبعوث فى آخر الزمان لتتمیم مکارم الاخلاق واظهار دین الحق على سائر الادیان صلى الله علیه وآله، وأصحابه وخلفائه ونقبائه والذین اتبعوهم باحسان، خصوصاً علیّ الولیّ الاظهر والمجتبى الاطهر والشهید الاشهر والعابد الازهر والباقر الآجر والصادق الاکبر والکاظم الأنور والرضا الابهر والتقى الاتقى والنقى الانقى والزکى الازکى وحجهالله على أهل الارض والسماء صاحب الزمان وقاطع البرهان.) پس از نقل خطبه، اشاره می‌کند که خطبه دیگرى نیز دراین‌باره نقل‌شده است: (خطبه دیگر مختصر که حضرات سادات عظام نجف و کربلا ـ ادام الله ظلالهم ـ مى‌خوانند و این دوازده کلمه است که شدّ سیرت گویند و ذکر آن گذشت و این از امام جعفر صادق (ع) منقول است). این خطبه دوم کاملاً شیعى است و ضمن آن، پس از یاد امامان اثناعشر آمده است: (بهم أتولى ومن أعدائهم نتبرّى.)¹⁶.
این دو خطبه، حکایت از قوت تشیع امامى در کاشفى دارد، به‌ویژه که تأییدشده است که حضرات نجف و کربلا، که آن زمان به‌یقین شیعه اثناعشرى بوده‌اند، این خطبه را تأیید کرده‌اند.
در میان آثار ملاحسین کاشفى، روضه الشهداء بیش از همه رنگ تشیع دارد. این کتاب اجمالى از تاریخ انبیا را در آغاز آورده، سپس شرح از زندگى پیامبر و به دنبال آن، به بیان زندگى سایر امامان پرداخته است که البته بخش مربوط به کربلا که هدف اصلى مؤلف در نگارش کتاب بوده، مفصل‌تر از دیگر بخش‌هاست. ویژگى این کتاب، همانند نظایر آن، از زاویه دید مذهبى، آن است که به‌رغم اظهار شدید مسئله (تولاى) نسبت به خاندان رسول خدا (ص), از مسئله (تبراى) از دشمنان اهل‌بیت (ع) خبرى نیست. این دقیقاً همان روشى است که فضل‌الله بن روزبهان در کتاب چهارده معصوم دنبال کرده است. در آنجا نیز شرح‌حال چهارده معصوم، دقیقاً براساس منابع و روشى که شیعه امامى دارد آمده، اما کمترین اشاره به مخالفان نشده است. البته کاشفى تفاوت مهمى با ابن روزبهان دارد و آن این‌که ابن روزبهان در آثار دیگر خود، بر تشیّع، یا به قول خودش رفض حمله کرده و حتى کتابى در رد بر علامه حلى نوشته است، درحالی‌که کاشفى چنین روشى را در سایر کتاب‌ها دنبال نکرده است. به‌عکس، در همین روضه الشهداء، از ماجراى تصرف حکومت و فدک نیز یادشده است، البته بدون هیچ‌گونه لحن تند و توضیحى: آورده‌اند که [بعد از وفات رسول (ص)]… فاطمه را هیچ رنجى نبود و جز غم فراق پدر و تقدم اصحاب بر على و تصرف ایشان در فدک، هیچ المى نداشت¹⁷.
شاید دلیل دوپهلویى وى در این اقدامات این بوده است که کاشفى نمی‌خواسته به‌طور کامل گرایشات مذهبى خود را آشکار کند، یا به تعبیرى، بر آن بوده تا از یکسو در هرات و از سوى دیگر در سبزوار، زادگاه خود، موقعیت خود را داشته باشد. داستان زیر که شهرت بسیار دارد، تااندازه‌ای ما را به این جهت‌گیری رهنمون می‌کند. واله اصفهانى می‌نویسد: مشهور است که نوبتى از راه اضطرار، بنابر تقلب روزگار و تصاریف لیل و نهار، جناب واعظ الانام به کام و ناکام از سبزوار سفر هرات پیش گرفت و رعایت و مراقبت سزاوار از امیر علیشیر دیده، بعد از مدتى به دیار خود بازگشت. سبزواریان اندیشیدند که مبادا جناب مولوى در مدت غیبت به مذهب اهل سنت رغبت کرده باشد; لاجرم با یکدیگر مقرر کردند که در حینى که مولوى بر فراز منبر برآمده، به موعظه مشغول گردد، درصدد تحقیق عقیده وى درآیند و منتظر بودند تا مجلس وعظ مولوى در جمعه‌ای از جمعات منعقد گردید و خلق سبزوار به جهت تحقیق این مقدمه، خود را به مسجد کشیدند و چون مولانا به موعظه مشغول شد، پیرى کهن‌سال از ارباب فضل و کمال از میان مردمان برپاى خاست و به آواز بلند از مولوى پرسید که جبرئیل امین چند نوبت بر

فرزند ملاحسین کاشفى نیز وضعیتى شبیه پدر دارد، جز آن‌که او بیش از پدر با صوفیان نقشبندى محشور شده است. به همان اندازه که فتوت‌نامه سلطانى پدر رنگ تشیع دارد، رشحات عین الحیاه رنگ تسنن دارد.

امیرالمؤمنین ـ ع ـ نازل شد؟ مولانا بدون تفرقه و اضطراب جواب داد که صدوچهل هزار بار. پیر سؤال فرمود که مولوى را در این باب سندى هست؟ مولانا فرمود که سندى بهتر از حدیث صحیح (انا مدینه العلم و على بابها) می‌خواهید؟ چه به تحقیق پیوسته که جبرئیل امین ـ ع ـ هفتاد هزار بار بر جناب رسالت مآب (ص) نازل‌شده و چون چنین باشد در هر آمدورفت، به‌مقتضای: واتوا البیوت من ابوابها¹⁸, دو بار به در خانه علم نازل‌شده، خواهد بود. و به این جواب صواب، سبزواریان خاطر از صحت عقیده جناب مولوى مطمئن ساختند¹⁹.
فرزند ملاحسین کاشفى نیز وضعیتى شبیه پدر دارد، جز آن‌که او بیش از پدر با صوفیان نقشبندى محشور شده است. به همان اندازه که فتوت‌نامه سلطانى پدر رنگ تشیع دارد، رشحات عین الحیاه رنگ تسنن دارد. مصحح کتاب رشحات نوشته است: هرکس کتاب رشحات را به‌قصد تتبع و تحقیق بخواند… و حشرونشر دائم و مستمر او را با جامى و خانواده خواجه سعدالدین کاشغرى که از بزرگان و مشایخ طریقه نقشبندیه اند واقف شود، بی‌هیچ شک و تردیدى حکم می‌کند که مولانا فخرالدین على مؤلف رشحات یک نفر مسلمان سنى مذهب خالص است. همین مؤلف در ادامه تصریح می‌کند، با توجه به غلبه قزلباش بر هرات و ادامه نفوذ فرزند کاشفى، معلوم می‌شود که او مرام تسنن را کنار گذاشته و همانند بسیارى دیگر به مذهب امامیه گرایش پیدا کرده است. این گرایش در لطائف الطوائف او کاملاً هویداست. مرحوم قزوینى در پشت نسخه‌ای از لطائف الطوائف نوشته است: مؤلف این کتاب شیعه اثناعشرى خالص مخلص بی‌شائبه بوده است و براى دوازده امام در اوایل کتاب، فصلى مفید پرداخته و علامت ظهور حضرت قائم را در فصل مخصوص بدو ذکر کرده است²⁰. مصحح رشحات بخشى از جملات وى را در ارتباط با امامان در همان مقدمه پیش‌گفته، (ص 88 ـ 87) آورده است. نظیر همین رویّه در کتاب حرزالامان من فتن الزمان او نیز به کار رفته است. او کتاب خود را در پنج مقاله و هر مقاله شامل پنج باب و هر باب دوازده فصل تنظیم کرده است. وى تصریح کرده است که پنج اشاره به عدد آل عباء و دوازده اشاره به دوازده امام است²¹. معینیان نیز در مقدمه رشحات (ص 89) جملاتى از این کتاب را  در ارتباط با تشیع او آورده است.