درباره مختار و انگیزه او در این قیام و این‌که چرا حکومت را به امام سجاد علیه‌السلام واگذار نکرد، قضاوت‌های گوناگون شده است.

 ما در اینجا درصدد تحلیل قیام مختار و مسائل پیرامون آن نیستیم؛ اما به‌هرحال؛ مطالبی که در تاریخ و روایات نقل‌شده، نشانگر آن است که هرچند امام زین‌العابدین (ع) خود مستقیماً وارد نبرد با قاتلان پدرشان نشدند، اما این‌که گروهی توانسته بودند بخشی از انتقام خون شهدای عاشورا را بگیرند تا حدودی رضایت خاطر حضرتشان را جلب کرده بود.

از طرفی می‌توان گفت که قیام مختار یکی از نتایج نفرین امام حسین (ع) علیه کوفیان بود.

امام حسین (ع) در دعایی عرضه داشت: «پروردگارا! آن جوان ثقفی را بر آنان مسلط کن تا جام تلخ مرگ و ذلت را به ایشان بچشاند. از قاتلان ما کسی را باقی نگذارد ... انتقام مرا و دوستان و خاندان و شیعیانم را از اینان بگیرد.»[1]

مختار پس از قیام نافرجام سلیمان بن صرد( رهبر نهضت توّابین)[2] شیعیان را آماده نبرد ساخت. او می‌دانست؛ اگر بخواهد حرکتش به نتیجه برسد، باید یکی از اعضای خاندان پیامبر آن را رهبری کند یا دست‌کم جنبش به نام او آغاز شود؛ چه کسی برای این کار مناسب است؟ امام سجاد (ع) و اگر او نپذیرد؟ محمد فرزند علی بن ابی‌طالب عموی امام سجاد.[3]

مختار به هر دو نامه نوشت؛ امام سجاد (ع) که بی‌وفائی عراقیان و رنگ‌پذیری آنان را دیده بود و می‌دانست به گفته پدر بزرگوارش این مردم «دین را تا آنجا می‌خواهند که زندگانی خود را بدان سروسامان دهند و هنگام آزمایش پای پس می‌نهند»[4] به مختار پاسخ مساعد نداد؛ اما تنها تا آنجا که کار او با کیفر قاتلان پدرش مربوط می‌شد، کردار او را تصویب نمود؛ وقتی مختار سر عبیدالله بن زیاد و عمر بن سعد را نزد او فرستاد، امام به سجده رفت و گفت: «سپاس مخصوص آن خدائی است که انتقام ما را از دشمنانمان گرفت. خدا به مختار جزای خیر عطا فرماید.»[5]

یعقوبی می‌نویسد: مختار سر عبیدالله بن زیاد را نزد علی بن الحسین (ع) به مدینه فرستاد و به پیک خود گفت: بر در خانه حضرتش بنشین، همین‌که دیدی در خانه گشوده شد و مردم به درون خانه رفتند، بدان که هنگام غذا خوردن او است، تو هم به درون خانه برو! پیک چنان کرد و چون داخل خانه شد، بانگ برداشت: ای خانواده نبوّت و معدن رسالت و محل فرود فرشتگان و منزل وحی! من فرستاده مختار پسر ابوعبیده هستم و این سر پسر زیاد است که برای شما آورده‌ام. با شنیدن این بانگ، فریاد از زنان بنی‌هاشم برخاست و چون علی بن الحسین سر عبیدالله را دید، گفت: «دوزخ جای او باد!». بعضی گفته‌اند: علی بن الحسین (ع) را پس از مرگ پدرش جز آن روز خندان ندیدند.[6]

اما چرا امام سجاد (ع) بعدازاین پیروزی‌ها، خود حکومت را در دست نگرفت؟ در این زمینه باید گفت:

اولاً: با تحلیلی که امام چهارم از وضعیت موجود داشتند، زمینه و شرایط را برای به دست گرفتن خلافت آماده نمی‌دیدند و به همین دلیل به گسترش فرهنگ اسلامی از راه‌های دیگر روی آوردند و با سلاحی چون سلاح دعا توانستند اهداف بلند خود و معارف اهل‌بیت را به گوش همه برسانند؛ ازاین‌رو، اگرچه امام سجاد (ع) از حکومت مرکزی رضایت نداشتند، اما بعد از شهادت امام حسین (ع) سیاستشان این بود که از طرفی خود مستقیماً با حکومت مرکزی درگیر نشوند و از طرفی در مقابل افرادی که علیه آنان قیام کرده بودند نیز موضع منفی نداشته باشند.

ثانیاً: باوجود جوّ خفقان و اختناق، انتظار ارتباط علنی میان امام سجاد (ع) و مختار بی‌مورد بود؛ لذا امام (ع) شخصاً از رهبری قیام سرباز زد. مختار نیز نمی‌توانست امام را به‌عنوان رهبر قیام معرفی نماید؛ چون امام در حجاز بودند و حجاز در تسلط آل زبیر بود که با امام سجاد (ع) و دیگر بنی‌هاشم رابطه خوبی نداشتند.

ثالثاً: گرچه مختار از قاتلان امام حسین (ع) انتقام گرفته و حکومتی در کوفه تشکیل داده بود، اما با توجه به این‌که با دشمنان زیادی در حال نبرد بود، حکومت او هنوز تثبیت نشده بود تا آن را به امام سجاد (ع) تحویل دهد.