بنای قبور به باور بیشتر مسلمانان شیعه و سنی بر خلاف اعتقادات وهابی، با اصول و معتقدات اسلامی در تضاد نیست و زیارت قبور بزرگان دین و مزار مؤمنان یک عمل مستحب و در سنت اسلامی دارای پیشینه است. اماکن و بناهای مذهبی در بقیع، افزون بر وجهه مذهبی، وجهه تاریخی نیز داشتند و برای مسلمانان نشانگر هویت تاریخی آنان بودند.
واکنش‌ها به تخریب:
مردم آذربایجان، شوروی، ازبکستان، ترکمنستان، ایران، ترکیه، افغانستان، عراق، چین، مغولستان، هند و مناطقی از روسیه در نامه‌ها و مکاتبات بسیار، ضمن اظهار تأسف و محکومیت، به فرجام ویرانی مرقد نبوی هشدار دادند.
دولت‌ها:
دولت‌های مسلمان علیه این اقدام اعتراض کردند و برخی دولت‌ها ازجمله دولت ایران، سفر به حجاز را بر شهروندان خود ممنوع کرد. حکومت ایران هیئتی رسمی را به حجاز فرستاد تا گزارشی از وضعیت حرمین و بقیع تهیه کند. دولت هند نیز هیئتی به مکه فرستاد تا شدیدا به این اقدام اعتراض کند.
دولت ایران روز 16 صفر سال 1344 ق را به مناسبت هتک حرمت به بقیع، عزای عمومی اعلان کرد و آیت الله مدرس در مجلس ایران تلاش‌هایی را برای مقابله با این عمل آغاز کرد. مجلس ایران کمیسیونی را برای بررسی موضوع تشکیل داد.
عالمان اسلامی:
سید ابوالحسن اصفهانی و دیگر عالمان دینی و بزرگان نجف و قم علیه وهابیان موضع تند گرفتند. آورده‌اند که گزارش ویرانی آرامگاه‌های بقیع، گریه آیت‌الله حائری، بنیان‌گذار حوزه علمیه قم را بر منبر درس برانگیخت و او درس خود را تعطیل کرد و بازار قم نیز تعطیل شد و آیت‌الله بروجردی، نماینده خود، محمدتقی طالقانی (آل احمد)، را برای بررسی امور به مدینه فرستاد. در کنفرانس اسلامی کراچی نیز عالمانی چون محمدحسین کاشف الغطاء و محمدتقی طالقانی، نماینده آیت‌الله بروجردی، با نماینده سعودیان گفت‌وگو نمودند و بر لزوم بازسازی آرامگاه‌های بقیع تأکید کردند.
سید محسن امین برای بررسی اوضاع به حجاز رفت و نتیجه تحقیق خود را در کتاب کشف الارتیاب به مسلمانان عرضه کرد. همچنین شماری از فقیهان به لزوم بنای مجدد بارگاه‌های بقیع فتوا دادند.
پس از تخریب:
حدود چهل سال پس از واقعه، حکومت سعودی بر اثر تلاش‌ها و پیگیری‌های شیعیان عراق به رهبری مرحوم آیت الله کاشف الغطاء و پیگیری‌های امیر اعلم، سفیر ایران در حجاز، سایبانی کنار این مقابر مطهر ساخت و راهی سنگ‌چین برای عبور و مرور افراد در بقیع ایجاد کرد. نیز دیوار بقیع در دوران ملک فهد‌بن‌عبدالعزیز بازسازی گشت و سپس در سال‌های 1418-1419 ه.ق مسیرهای درون بقیع برای رفت‌وآمد زائران سنگ‌فرش شد.
امروزه اداره‌ای موسوم به اداره امر به معروف و نهی از منکر نزدیک در اصلی بقیع مستقر شده است که از نزدیکی زائران به قبور و تبرک جستن به آن‌ها پیشگیری می‌کند.
