عصر امامت امام محمدباقر (ع) یکی از دوران پرتلاطم فکری در جهان اسلام است. گروه و جریاناتی نظیر مرجئه، خوارج، کیسانیه، غالیان و... فهم و برداشت خود را از اسلام ارائه می‌دادند و عملا مبانی و معارف دین در خطر قرار گرفته بود. در چنین شرایطی امام باقر با توجه بیشتر به علوم و معارف دینی و تربیت شاگردان و حضور در مناظرات مختلف به ترویج علوم نقلی و عقلی در جهان اسلام پرداخت.

در هفتم ذی الحجه سال 114 هجری امام باقر (ع) توسط هشام بن عبدالملک شهید شد. آن حضرت چندین روز و به قولى سه روز در حالت درد از اثر سم به سر می‌بردند تا به شهادت رسیدند. امام باقر (ع) در واقعه کربلا حضور داشت و هر زمان که متذکر شهادت حسین بن على (ع) و اسارت عمه‌هایش می‌شد، اشک از چشم مبارکش مانند درّ جارى می‌گشت.